Als einfaches Mädchen vom Planeten Erde führt Bloom ein absolut normales Leben in der Stadt Gardenia, bis sie Stella kennen lernt, eine Prinzessin vom Planeten Solaria, die in Schwierigkeiten steckt. Als sie Stella helfen möchte, entdeckt Bloom ihre magischen Kräfte. Stella überredet Bloom mit nach Alfea zu kommen, die beste Feenschule im ganzen Königreich. In der Schule gründet Bloom den Winx Club, deren Mitglieder ihre vier Freundinnen und Mitbewohnerinnen sind - Stella, Musa, Tecna und Flora. Später lernen sie die Spezialisten - Brandon, Riven, Timmy und Sky kennen und freunden sich mit Ihnen an. Die Mitglieder des Winx Clubs treffen auch auf die drei Hexen aus dem Wolkenturm - Icy, Darcy und Stormy, genannt die Trix. DieTrix sind auf der Suche nach der Drachenflame, und ihre skrupellose Jagd führt zu mehreren Begegnungen und Kämpfen mit den Mädels aus dem Winx Club. Bloom beginnt außerdem mehr über die Geheimnisse ihres Planeten, ihrer Eltern und ihrer Mächte zu erfahren.

Nach ihrem Sommer-Urlaub kehren die Mitglieder des Winx Clubs zurück nach Alfea, um mit ihrem zweiten Jahr zu beginnen. Sie lernen eine neue Fee, Layla, kennen, die sie bittet, ihre Pixie-Freunde zu retten, die von Lord Darkar gefangen gehalten werden. Lord Darkar ist eigentlich der "Schatten-Phönix", der die Macht über das magische Königreich an sich reißen möchte. Um die Macht dazu zu bekommen, muss er herausfinden, wo sich das Dorf der Pixies befindet, damit er die vier Stücke des Codex stehlen kann, die es ermöglichen, das Tor zum Königreich Realix zu öffnen, wo sich die Ultimative Macht befindet. Auch die Trix lernen Lord Darkar kennen und dienen ihm. In der Zwischenzeit lernen die Mitglieder des Winx Clubs, wie sie ihr Charmix erhalten können. Ein neuer "Lehrer" kommt in Alfea an und macht aus Bloom "Dark Bloom", um Lord Darkar zu dienen. Mit der Hilfe von Dark Bloom gelingt es Lord Darkar das Tor zum Königreich Realix zu öffnen. Alles scheint verloren zu sein. Im letzten Augenblick gesteht Sky seine wahren Gefühle gegenüber Bloom und Dark Bloom wird wieder zu Bloom. Danach heilt Bloom alle und besiegt Lord Darkar. Nach dem Kampf gehen Bloom und die anderen wieder zurück nach Alfea und feiern dort ihren Sieg. Layla tritt nun auch dem Winx Club bei, wohingegen Stella ein großes Modegeschäft abschließt.

Der Winx Club startet sein drittes Jahr in Alfea und die Mädchen erfahren Mehr über ihre einzigartigen Enchantix-Verwandlungen, die sie durchführen können, wenn sie sich jemandem opfern, der ihrer eigenen Welt angehört. In der Zwischenzeit flüchten die Trix, die zuvor in die Omega-Dimension verbannt wurden, mit Valtor, einem Hexenmeister, der teilweise für die Zerstörung von Blooms Heimatkönigreich Domino verantwortlich ist. Sie haben sich darauf geeinigt, zusammenzuarbeiten und in einige Gebiete des Königreiches Magix einzufallen, um sich an denen zu rächen, die sie eingesperrt haben, indem sie die magischen Schätze und Machtquellen jedes Königreiches stehlen. Nun ist es Aufgabe des Winx Clubs diesen teuflischen Plan zu durchkreuzen!

Die Mitglieder des Winx Clubs kehren als Lehrerinnen nach Alfea zurück, wo sie mehr über ihr Believix erfahren, eine neue Form der Verwandlung, die die Fähigkeit hat, jemanden an die Macht der Zauberei glauben zu lassen. Darüber hinaus verleiht Believix drei zusätzliche Flügel, damit dieser Zauber noch mächtiger werden kann: Speedix (Geschwindigkeits-Steigerung), Zoomix (Teletransportation) und Tracix (optische Hilfsmittel). Außerdem lernen sie die Hexer des Schwarzen Kreises kennen, eine Gruppe von Verbrechern, die hinter der letzten Fee des Planeten Erde her sind, um die ganze Macht an sich zu reißen. Der Winx Club bricht auf zum Planeten Erde, um die letzte Fee ausfindig zu machen und zu beschützen. Mit der Hilfe von Vanessa eröffnen sie eine Kuscheltierhandlung mit dem Namen Love & Pet, welches auch als ihr zu Hause dient. Außerdem freunden sie sich mit Roxy an, einem Mädchen, das in der Frutti Music Bar arbeitet. Als klar wird, dass Roxy die letzte Fee des Planeten Erde ist, hilft der Winx Club dabei, Roxy vor den Zauberern zu beschützen. Während dieses Kampfes mit den Hexern, entdeckt Roxy ihre Macht, indem sie ihren Believix gewinnt, und sie hilft dem Winx Club die Hexer zu vertreiben. Nachdem die Hexer besiegt wurden, widmen sie sich dem Weißen Kreis, einem magischen Ring, in dem die Feen der Erde gefangen gehalten werden. Am Ende gelingt es dem Winx Club die gefangenen Feen zu befreien. Einmal mehr hat der Winx Club den Plan der Hexern durchkreuzt. Nun werden sie jedoch mit den wütenden Feen der Erde konfrontiert, die sich an den Menschen dafür rächen wollen, dass sie von ihnen eingesperrt wurden. Aufgrund dieser mächtigen Kraft sieht sich der Winx Club gezwungen, mit den Hexern zu kooperieren und sich aufzumachen, die Menschheit zu retten. Wird der Winx Club siegen?